頭痛・肩こりの原因は様々ですが、噛み合わせ、食いしばり歯ぎしりによって起こることがあります。睡眠中に無意識に食いしばりや歯ぎしりをしていることも多く、本人の自覚がないこともあります。両側の側頭部や後頭部にある筋肉（側頭筋や後頭筋）が、眼精疲労や精神的緊張からくるストレス状態が続き、過度の筋緊張が続いて、頭痛となることもあります。
肩こりはストレス状態の持続や長時間同じ姿勢でいた場合（パソコンの前にすわる仕事や運転など）に、首から肩にかけての筋肉（僧帽筋、頭・頚板状筋、頭半棘筋、肩甲挙筋）が無意識の過緊張を起こして起こるといわれています。肩こりの強い方では、これがさらに頭部へと進展し、緊張性頭痛の原因となっていることもしばしばです。
ボトックス療法は、神経と筋肉の伝達を押さえる作用がある物質を注射し筋肉の働きを弱めることで、筋肉の正常な機能を保ったまま異常な過緊張を取り除く有効な治療法です。
これらが原因の時は一度のボトックス治療で寛解することが多々あります。
また、マウスピース治療と組み合わせることによって頭痛・肩こりが軽減することもあります。